Con la llegada de Fray Alonso Ponce y Fray Antonio de Ciudad Real en 1588, gracias a sus escritos los visitantes nos describen lo majestuoso y el gran tamaño de nuestro exconvento. Así como nosotros lo vemos, con el paso de los años ha perdido parte de su construcción y los terrenos que le correspondían en sus inicios.
Hasta 1888, el terreno que pertenecía al convento y a la parroquia comenzó a reducirse. En 1857, con las Leyes de Reforma del presidente Juárez, se dio lugar a la separación del Estado y la Iglesia; unos años después, los edificios religiosos fueron separados de la Iglesia. En algunas fotografías antiguas se puede distinguir la segunda planta casi toda derruida, no por la Guerra de Castas, sino porque los sacerdotes fueron expulsados y durante muchos años vivieron en casas particulares, mientras que las autoridades civiles fueron vendiendo gran parte de lo que correspondía a la Iglesia.
En la parte oriente (Parque Juárez) y en la parte norte se encontraba el huerto y en el estacionamiento que antes fue la sala de fiestas llamada “Haranchac” al entrar a este lugar y casi al fondo se pueden ver dos pozos que están a la derecha y que fueron tapiados; en realidad no son pozos, sino el sitio donde existía una noria de la cual los frailes sacaban agua para beber y para regar el huerto.
En 1902 se vendieron los terrenos donde actualmente hay locales comerciales, y don Andrés Romero en 1903 hizo la calle 48 y también abrió la calle 49, llamada el Callejón. Toda la calle 49, más los terrenos que se encuentran en la parte norte del Callejón, también correspondían al convento. Volviendo a la calle 48, fue destruido un corredor con diez arcos que se encontraban donde hoy hay jardines y en la actualidad es sitio de taxis.
Al llegar a la esquina de la calle 48 y 51, para poder dar la vuelta al oeste se derribó una pieza de aproximadamente diez metros de largo para formar la calle 51 x 48 (frente al convento). En 1904 toda la calle del frente del convento se bajó 80 cm, llegando hasta el mercado, para que pudiera quedar más plana.